如果睾丸痛长期得不到治疗会致使男性不育。急性附睾炎是导致睾丸痛的常见原因。慢性附睾炎或者睾丸纤维增生以及睾丸纤维硬化病也可导致睾丸痛。睾丸以及附睾管道出现闭塞以及淋巴细胞浸润现象都可导致睾丸疼痛。睾丸疼痛也有可能因为前列腺病变导致，所以治疗还应考虑前列腺感染。
如果因为泌尿生殖感染导致睾丸疼痛，则弹道消融术可有效治疗。这种治疗方式采用正负容性电极作用于病变组织，释放高能超导兆波，穿透组织深部达16cm，使骨盆底部肌肉松弛，并改变致病菌赖以生存内环境;使血管通透性增强，药物更易扩散，促进新陈代谢;同时，激发和调节机体产生主动免疫功能。除了能够精确定位治疗患部外，强大的兆波电流穿过患部，渗透病变组织杀死致病菌，同时由于热疗让炎症组织的通透性增加，使治疗药物更容易被吸收及代谢，加速疾病治疗过程，具有：无创、无痛、定位精确、安全高效的特点。
由于睾丸疼痛科因为睾丸炎引起，治疗可选择光导系统治疗。这种利用生物物理的方式达到治疗目的非手术疗法在治疗过程中几乎不对患者构成损伤和痛。代表了当今医疗水平的发展方向，是泌尿系统感染疾病的高科技领先技术，其对患者的低损伤和微创治疗得到世界卫生组织(WHO)的推广。
轻微睾丸疼痛治疗可选择抗生素以及止痛药。对于缓解症状效果明显，但是不能彻底治愈。病人应卧床休息，疼痛时采取热敷止痛。可多做提肛锻炼来缓解疼痛以及肿胀现象。如果睾丸疼痛反复发作，可考虑进行输精管结或者结扎或者施行睾丸切除术。
