纳豆不拉丝是属于制作失败，无法进行补救。吃了没营养，纳豆要有拉丝才好吃，选材。黄豆要选用新鲜的小粒黄豆最好，开始泡的时候最好用160克的黄豆，泡好后挑去坏豆，死豆。蒸黄豆的时间要自己掌握，蒸至黄豆入口绵软，这样做出的纳豆非常好吃，用高压锅豆，蹄筋那个档位，要蒸2遍。
制作清酒时，原料的米中若不慎受纳豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，将抑制酿酒所需的酵母菌。酿清酒处所不可出现纳豆，其他发酵食品可能也有类似情况，制程需多加留意。
纳豆菌属于弱酸性，会阻碍乳酸菌制造的乳酸。在技术上已经开发出气味较弱的纳豆，但由于使用了活发性较低的纳豆菌种，容易造成其他细菌的增殖空间。此外，纳豆菌的天敌是会寄生在细菌上的噬菌体病毒，在噬菌体开始作用后会降低纳豆菌的活动力，并可能造成其他细菌开始繁殖，因此应避免食用超过保存期限的纳豆。
纳豆含有黄豆全部营养和发酵后增加的特殊养分，含有皂素，异黄酮，不饱和脂肪酸，卵磷脂，叶酸，食用纤维，钙，铁，钾，维生素及多种氨基酸、矿物质，适合长期食用维护健康。
